タイトルの通りです。
http://www.jreast.co.jp/net-de-teiki/index.html
ネットで申し込むと、会員登録不要で事前申し込みができて、駅では受け取って支払うだけ、というパラダイスが形成されていると踏んだのですが、甘かったです。通勤定期券だったら券売機で買えるようなんですが、通学定期券だと「みどりの窓口」の長蛇の列に並ばされました。

Webページには、

なお、定期券のご購入が多い時期には、指定席券売機前で、駅係員が「通学証明書」または「通学定期券購入兼用証明書」を確認して指定席券売機でお受取りできる場合もあります。

という表記があったし、いま年間を通じて一番ご購入が多い時期だと思うので、上記のような特別運用が行われてるかと思ったんですが…。毎日の利用者数が10万人を越えるうちの最寄り駅でも、「今日はまだ短いほうですよ〜」とか駅員が話しているのを聞きながら1時間並ばされました。

結局「ネットde定期」のメリットは、行列に並んでいる間に申込用紙に記入しなくていい、それだけでしたね…。

JR東日本って列車の定時運行にはとても気を遣っているのに、その列車に乗るお客さんを平然と1時間も窓口に並ばせるのって、なんかちぐはぐな感じがします。