結局ですね、いま使っている起動ディスクのバックアップを取った後、リカバリーモードのターミナルからディスクを消去→Fusion Driveの再構築を行うことで解決しました。いや、解決したのではなく、そうせざるを得ませんでした。以下手順です。

＜手順＞

Command + Rでリカバリーモードで起動、ターミナルから操作をします。

　% diskutil list　

で調べたところ、識別子disk0で128GBのフラッシュドライブ、disk1で3.0TBのHDDが認識され、disk1側は1.5TB x 2に分割され、１つ目のパーティション(1.5TB)がfusion driveの一部、２つ目のパーティション(1.5TB)がなぜかRecovery HDになっていました。

一度disk0側、disk1側共にアンマウントして、

　% diskutil unmountDisk disk0　
　% diskutil unmountDisk disk1　

謎のRecovery HDでの占拠が行われている disk1 側を初期化します。

　% diskutil eraseDisk JHFS+ Macintosh\ HD disk1　

その後はAppleが公開しているサポート情報に従ってFusion Driveを再構築します。

→Apple Support: Fusion Drive が分割された場合の修復方法

Fusion Driveとして使用可能になったら、ディスクユーティリティで好きなようにパーティション分けすればOKです。

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リカバリーモードではなぜかBTマウスが認識されなくなることがありました。こういったとき、なぜ無線が繋がらないのかをトラブルシュートするのは時間の無駄なので、有線マウスがあると便利です。

にしても、ディスク初期化ののち、TimeCapsuleからのバックアップ書き戻しを行っただけなんですが、Macの挙動が明らかにサクサクしていますね。TimeCapsuleからの書き戻しでは何も状況が変わらないのではないかと思っていましたが、けっこう体感速度が変わって驚きです。